Fondée en 1843 par Thomas Birch Freeman, fils d'un esclave affranchi, l'EPMB joue un rôle important dans la lutte contre le sida. Elle est impliquée dans l'Université d'Afrique de l'Ouest (UPAO) et le dialogue interreligieux.
Autonome depuis 1993, l’EPMB a connu de graves problèmes internes qui ont abouti à une division. L’enjeu principal de l’Eglise est donc la reconstruction de son témoignage et de son unité. Pour cela, l’EPMB a engagé une réflexion en profondeur visant une redynamisation de l’Eglise : restauration de son identité, notamment théologique, formation des pasteurs et laïcs, organisation administrative et financière. L’Eglise compte actuellement une quarantaine de pasteurs. Parallèlement, l’Eglise souhaite répondre aux besoins spirituels et sociaux de la population béninoise. Plusieurs projets sont ainsi en cours, dans les domaines de la santé, de l’éducation, de l’alphabétisation. Par exemple, l’EPMB a repris la gestion d’une vingtaine d’écoles protestantes qui avaient été nationalisées par le régime marxiste des années 70 et 80. Elle assume également la gestion de plusieurs centres de santé (dont Porto Novo et Za Tanta). L’EPMB est membre de la Cevaa. Le soutien de DM-échange et mission à cette Eglise passe donc par la contribution à la Communauté d’Eglises en mission.
Voir la vidéo du Synode général de l'Eglise protestante méthodiste à Dassa
Voir la vidéo du complexe scolaire protestant de Gbeto